آموزش طراحی پرایمر با نرم افزار الیگو Oligo

دست ورزی های ژنتیکی، ابزاری قدرتمند در اختیار ژنتیک دانان قرار می دهد تا مولکول های هدف را برای رسیدن به اهداف گوناگون، ویرایش کرده و ویژگی های جدیدی را به آن ها اضافه نمایند. لازمه گام برداشتن در این مسیر، مطالعات بیوانفورماتیکی قوی است که با کمک نرم افزارهای مختلف، امکان پذیر است.

به عنوان مثال، برای تکثیر هر قطعه دلخواهی از ژنوم، یک جفت پرایمر اختصاصی مورد نیاز است. این پرایمرها باید طوری طراحی شوند که از طرفی کاملا مکمل توالی هدف باشند و از سوی دیگر به هیچ بخش دیگری از مولکول الگو، متصل نشوند. این عامل به همراه چند عامل دیگر، طراحی پرایمر را به مرحله ای دقیق و حساس از روند کلون سازی ژن ها تبدیل می نماید.

با توجه به اهمیت این مرحله در روند کلی فرایند کلونینگ، در این فرادرس در نظر داریم با معرفی نرم افزار اولیگو (Oligo)، مخاطبان را با روند کلی طراحی پرایمر و برخی ریزه کاری های آن آشنا سازیم.

سرفصل‌ها

• درس یکم: مقدمات طراحی پرایمر
  • معرفی محیط نرم افزار اولیگو (Oligo)
  • وارد کردن توالی مورد نظر و بررسی اولیه آن
• درس دوم: طراحی پرایمرها
  • جستجو برای یک جفت پرایمر اولیه
  • آنالیز پرایمرها
  • ویرایش طول و توالی پرایمر
  • ویژگی های ساختاری
  • ویژگی های اتصالی
  • واکنش PCR
• درس سوم: آنالیز پرایمرها در NCBI